Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (fp-ordenador.jpg) A Formación Profesional galega contará a partir do vindeiro curso co dobre de inglés do marcado como mínimo na normativa básica estatal e permitirá ao alumnado realizar ata 700 horas de formación práctica, ata un 82% máis que ata o momento. Todo isto mantendo o peso da formación no centro educativo, cuxo profesorado é o piar fundamental do éxito acadado polo sistema galego de FP nos últimos anos. O modelo de FP de éxito tense adiantado e implementado moitos dos cambios que agora o Ministerio toma como sistema a imitar en toda España. Polo tanto a aplicación da nova lei vai ser flexible, de tal forma que en Galicia se manteña a excelencia e se incorporen as novidades.
Foto de la tercera plana (tecnologia.jpg) Foi presentado o evento The Way Startup Summit 2024, que un ano máis convertirá a Vigo no maior foro de emprendemento, innovación e investimento no Noroeste de España e cita de referencia a nivel nacional. O programa de They Way contempla tres grandes escenarios ao redor da innovación, o emprendemento e o investimento, así como a organización de espazos de networking entre os asistentes, co obxectivo de que establezan contactos, intercambien coñecementos e propíciense sinerxias entre eles. The Way desenvolverase os días 9 e 10 de maio abordando temas como os retos de futuro das FinTech, da mobilidade, da alimentación, do retail, do turismo, do deporte ou do téxtil, entre outras áreas.

Notas

Desde maio de 2022, un equipo internacional liderado polo físico da UVigo Juan Antonio Añel desenvolve un proxecto financiado polo Instituto Internacional de Ciencias Espaciais sobre os impactos do cambio climático sobre a atmosfera alta do planeta, a orbitación de satélites e o lixo espacial. Esta semana, o equipo celebra na sede do ISSI, na cidade suíza de Berna, a súa segunda xuntanza, na que avalían os avances no seu traballo.
O grupo de investigación sobre Criminoloxía, Psicoloxía Xurídica e Xustiza Penal no século XXI da UDC organiza o seminario internacional 'Trafficking in Cultural Property: A Criminological Perspective', un encontro que terá lugar o próximo 30 de abril no salón de graos da Facultade de Dereito da Coruña. Trátase dunha actividade enmarcada dentro do proxecto 'Horizon Europe RITHMS' (Research, Intelligence and Technology for Heritage and Market Security).
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
PUBLICACIONES