Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (cine.jpg) O festival Internacional Intersección da Coruña presentou hoxe a programación completa da súa oitava edición que se desenvolverá do 26 de setembro ao 4 de outubro para ofrecer máis de 100 de películas independentes de 17 países e situarse como punto de encontro do cinema contemporáneo. Na Sección Galicia competirán este ano 11 filmes que viaxan da memoria íntima á mitoloxía, u da exploración ecolóxica ás identidades disidentes. Destacan, neste sentido, as proxeccións de Deuses de pedra, de Iván Castiñeiras, Maldito Espírito, de Carlos Martínez-Peñalver e Alboroque, de Sabrina Fernández Casas.
Foto de la tercera plana (nenos-colexio.jpg) A Xunta de Galicia vén de lanzar o Protocolo de actuación contra a violencia na infancia e na adolescencia no ámbito educativo, que ten como principal obxectivo que os docentes dispoñan das ferramentas axeitadas, así como dunha folla de ruta clara para activar ante a sospeita de que algún estudante poida estar sufrindo unha situación de violencia de calquera tipo e en calquera contexto. O protocolo establece o procedemento a seguir cunha actuación coordinada do persoal educativo que asegure unha resposta rápida e eficaz e sempre orientada á protección do menor. Nel fai fincapé tanto na prevención como na detección e intervención ante casos de violencia que os estudantes poidan sufrir tanto no propio centro como no seu ámbito social e familiar.

Notas

Estes galardóns acadan este ano a súa novena edición, e fano con grandes cambios. Os Premios Youtubeiras+ abren a participación á creación de contidos en galego en calquera rede social e en todos os formatos. O concurso, que ata agora só permitía concorrer ás creacións en YouTube e TikTok, amplía o seu campo de acción e permite competir ás persoas que teñan canles autoproducidas nas redes.
Con preto de 500 inscritos e inscritas e coa mensaxe común que a educación ten o poder para transformar a sociedade, botaba a andar este mércores no campus de Pontevedra o I Congreso Internacional de Educación Transformadora: Ciencia, Comunicación e Sociedade. Combinado a asistencia presencial de preto dun cento de investigadores e investigadoras e o seguimento virtual de arredor de 400 inscritos e inscritas de doce países, trátase dun foro con cinco áreas temáticas, promovido pola Cátedra Unesco Educación Transformadora.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES