martes, 28 de septiembre de 2021
Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.
Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluÃda a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuÃr a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis especÃfica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.
CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, asà como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura cientÃfica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas caracterÃsticas”.
Reto computacional
Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.
Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuÃr a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clÃnica.”
CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; asÃ, Salas indica que “o máis difÃcil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo poderÃa ser adaptado a outros patóxenos”.
Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realÃzase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.
'Un supercontaxiador terÃa un efecto comparable co de prender lume a un monte seco usando substancias acelerantes como a gasolina'. Asà definen os profesores da USC Antonio Salas e Federico Martinón como as variantes do SARS-CoV-2 necesitan da acción de eventos de supercontaxio para lograr éxito epidemiolóxico, pois son estes, en gran medida, a verdadeira 'gasolina' coa que 'o incendio está garantido'. O triunfo dunha variante depende en gran medida 'desta forza motriz' porque, segundo explican, 'un só evento de supercontaxio pode causar un dano rexional terrible ao facer medrar os contaxios de maneira exponencial, iniciando en moi pouco tempo gromos repentinos que son difÃciles de controlar ao perderse a posibilidade de trazar as transmisións'.
O vicepresidente económico e conselleiro de EconomÃa, Empresa e Innovación, Francisco Conde, participou na presentación do novo Clúster da Eólica Offshore que, segundo dixo, permitirá a Galicia, Asturias e Cantabria desenvolver unha estratexia compartida para posicionarse como referente internacional neste sector. Acompañando aos conselleiros de Industria dos gobernos de Galicia, Asturias e Cantabria, participan nesta iniciativa tres socios industriais que representan máis de 200 empresas con actividade e experiencia no sector: o Consorcio Tecnolóxico da EnerxÃa de Asturias, o Clúster Sea of Innovation de Cantabria e Asime, a través do Galician Offshore Energy Group.
