Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (sociedade-02.jpg) 'Un supercontaxiador tería un efecto comparable co de prender lume a un monte seco usando substancias acelerantes como a gasolina'. Así definen os profesores da USC Antonio Salas e Federico Martinón como as variantes do SARS-CoV-2 necesitan da acción de eventos de supercontaxio para lograr éxito epidemiolóxico, pois son estes, en gran medida, a verdadeira 'gasolina' coa que 'o incendio está garantido'. O triunfo dunha variante depende en gran medida 'desta forza motriz' porque, segundo explican, 'un só evento de supercontaxio pode causar un dano rexional terrible ao facer medrar os contaxios de maneira exponencial, iniciando en moi pouco tempo gromos repentinos que son difíciles de controlar ao perderse a posibilidade de trazar as transmisións'.
Foto de la tercera plana (mar-onda.jpg) O vicepresidente económico e conselleiro de Economía, Empresa e Innovación, Francisco Conde, participou na presentación do novo Clúster da Eólica Offshore que, segundo dixo, permitirá a Galicia, Asturias e Cantabria desenvolver unha estratexia compartida para posicionarse como referente internacional neste sector. Acompañando aos conselleiros de Industria dos gobernos de Galicia, Asturias e Cantabria, participan nesta iniciativa tres socios industriais que representan máis de 200 empresas con actividade e experiencia no sector: o Consorcio Tecnolóxico da Enerxía de Asturias, o Clúster Sea of Innovation de Cantabria e Asime, a través do Galician Offshore Energy Group.

Notas

ESTALMAT-Galicia conta co apoio da Xunta de Galicia e da Universidade de Santiago de Compostela, entre outras institucións, e é un programa avalado pola Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de España. O seu obxectivo é estimular o talento matemático en rapaces de 12, 13 e 14 anos. A primeira das actividades consiste nun campamento matemático durante a fin de semana no Albergue de Ecoturismo Alvarella, en Vilarmaior, que supón unha toma de contacto entre os participantes nun ambiente lúdico-matemático.
O presidente do Goberno galego, Alberto Núñez Feijóo, presentou o proxecto ¡BUEN CAMINO!, para ofrecer da man de Google Arts&Culture, 'unha ventá' á singularidade das rutas xacobeas, acadando unha nova universalidade. Con este proxecto, dispoñible en 11 idiomas, Galicia dá un paso máis na dixitalización do Camiño, unha viaxe que se iniciou coa posta en marcha da plataforma Smart Camiño e que continuará coa Estratexia Galicia Dixital 2030.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
PROMOCIÓN
PUBLICACIONES
Publicaciones
Publicaciones Amencer
Revista Egap
Obradoiro de Artesania