viernes, 7 de noviembre de 2025
Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.
Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluÃda a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuÃr a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis especÃfica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.
CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, asà como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura cientÃfica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas caracterÃsticas”.
Reto computacional
Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.
Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuÃr a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clÃnica.”
CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; asÃ, Salas indica que “o máis difÃcil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo poderÃa ser adaptado a outros patóxenos”.
Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realÃzase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.
O Museo das Peregrinacións e de Santiago celebrará esta fin de semana obradoiros, concertos e un espectáculo de danzas do mundo no para conmemorar o décimo aniversario da apertura, na compostelá Praza das PraterÃas, da súa sede expositiva, un programa diverso e aberto a todos os públicos, para recoller a mesma esencia e cerna do museo. A programación do sábado, dÃa 8, botará a andar ás 10,30 horas coa artesá Cristina Molares, quen desenvolverá un obradoiro de demostración de vidrarÃa artÃstica. Pola tarde, será a quenda de concertos musicais nas propias salas do museo para os que non será necesario inscribirse. A primeira das actuacións será a de Ãlex Salgueiro, ao clavicordio; á que lle seguirá Eloi Pérez cun repertorio de melodÃas celtas interpretadas con gaita irlandesa, e que rematará Juan Collado, un dos fundadores do grupo Odaiko Percussión, cun concerto de vibráfono.
O avance do último informe climatolóxico elaborado por MeteoGalicia indica que a Comunidade rexistrou un mes de outubro seco e moi cálido. En concreto, o pasado mes caracterizouse por unha primeira parte, ata o dÃa 18, con predominio de altas presións, que deixaron tempo seco e moi cálido. A partir do dÃa 19, as temperaturas descenderon e as precipitacións foron aparecendo con máis frecuencia e intensidade. Con todo, as temperaturas medias do mes quedaron moi por riba do que serÃa de agardar en outubro e as precipitacións que se foron acumulando nos últimos dÃas non puideron chegar aos valores propios deste mes na maior parte de Galicia.
