Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (20250704-ue.jpeg) EuroPCom, a Conferencia Europea de Comunicación Pública, é a maior reunión anual de expertos en comunicación pública de Europa organizada polo Comité Europeo das Rexións en colaboración coa Comisión Europea, o Parlamento Europeo, o Consello, o Banco Europeo de Investimentos, o Comité Económico e Social Europeo e a Organización para a Cooperación e o Desenvolvemento Económicos. O evento ofrece unha plataforma para explorar as últimas tendencias, iniciativas e ideas no ámbito da comunicación pública. O director xeral de Relacións Exteriores e coa Unión Europea, Jesús Gamallo, participou nesta Conferencia organizada polo Comité Europeo das Rexións, e celebrada baixo o lema 'Máis alá das palabras. Unha historia de confianza'.
Foto de la tercera plana (rapa-bestas-sabucedo.jpg) O Diario Oficial de Galicia publica hoxe a declaración de Ben de Interese Cultural da Rapa das Bestas de Sabucedo por considerar acreditado o seu valor sobranceiro como patrimonio inmaterial do pobo galego, ao tratarse dunha das festas máis antigas de Galicia que conta, como mínimo, con tres séculos de historia. Este recoñecemento supón a aplicación de inmediato do réxime de tutela da Lei de Patrimonio Cultural e, polo tanto, o maior nivel de protección. Esta distinción, que se suma á de Festa de Interese Turístico Internacional acadada en 2007, chega tras o visto e prace a este decreto por parte do Consello da Xunta este pasado luns, 30 de xullo, e logo de completarse o expediente administrativo, no que constan os dous informes preceptivos dos órganos consultivos favorables.

Notas

Os días 24 e 25 de setembro terá lugar o I Congreso Transnacional do Campus Auga da Xuventude Investigadora (Aquaxi´25). A cita nace “co propósito de ofrecer un espazo de diálogo e difusión de resultados de investigación, promovendo o intercambio de coñecementos, a aprendizaxe compartida e a creación de redes de colaboración entre a nova xeración científica”. Aquaxi´25 celebrarase no edificio Politécnico do campus de Ourense e está organizado polo Campus Auga.
Galicia xa conta co seu 'retrato xenético' máis preciso ata a data, logo de que persoal investigador da USC e do Instituto de Investigación Sanitaria teña desenvolvido un estudo pioneiro de secuenciación completa do xenoma sobre unha mostra representativa da poboación galega. O traballo achega unha base fundamental para entender o diagnóstico xenético de enfermidades, o deseño de estratexias de medicina personalizada e o descubrimento de variantes xenéticas con relevancia clínica.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES