Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (cgac-2021.jpg) Con esta decisión, procúrase ampliar a internacionalización, unha maior apertura á creatividade dixital coa irrupción das novas tecnoloxías e darlle pulo a súa descentralización dentro e fóra de Galicia. O obxectivo con esta renovación é impulsar estes eidos na actividade deste centro museístico, referente da arte contemporánea en Galicia e España, tras case once anos con Santiago Olmo á fronte da súa dirección. Como resultado do seu labor, o Centro Galego de Arte Contemporánea acadou en 2025 ser recoñecido como Insignia da cultura galega polo Observatorio da Cultura da Fundación Contemporánea, segundo os resultados do prestixioso informe elaborado coas valoracións de máis de 400 expertos e profesionais de toda España.
Foto de la tercera plana (val-cuantico.jpg) O presidente da Xunta informou de que 'Galicia vai liderar un val especializado en tecnoloxía cuántica no que participarán nove países europeos' e que contará cun investimento de 14,3 millóns de euros. Rueda lembrou que a comunidade 'está a posicionarse como referente europeo' neste eido e asegurou que o feito de que Galicia lidere un proxecto 'nunha materia con tanto futuro é un reflexo da boa saúde da I+G+i galega'. A Comisión Europea acaba de conceder un novo proxecto de cuántica polo que a nosa Comunidade vai liderar un val de innovación, é dicir, unha iniciativa de colaboración entre rexións que destacan pola súa capacidade neste ámbito e que, grazas a este val, van conectalas para facer novos desenvolvementos e incrementar a soberanía da UE.

Notas

Artistas consagrados como Antón Pulido, Francisco Leiro, Manolo Moldes, Xaime Quessada ou Acisclo Manzano e outros noveis, son os e as autoras das preto de 300 obras de pintura, escultura, gravado e fotografía, e ás que tamén se sumarán vídeos, instalacións e audios, que integran a día de hoxe o Museo de arte da Universidade de Vigo. Localizadas ao aire libre, en escolas e facultades e en edificios administrativos dos tres campus, as 287 obras que integran esta recompilación do patrimonio artístico da UVigo nunca antes foran reunidas nun repositorio dixital.
O dixestato é o subproduto que xorde da descomposición anaeróbica da materia orgánica, é dicir, do proceso biolóxico natural onde microorganismos degradan a materia orgánica en ausencia de osíxeno. O Centro de Investigación Interdisciplinaria en Tecnoloxías Ambientais traballa, a través do proxecto ReWoW (Revolutionizing the Waste of Waste), na transformación do dixestato nunha valiosa materia prima para unha nova bioeconomía.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES