sábado, 27 de diciembre de 2025
Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.
Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluÃda a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuÃr a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis especÃfica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.
CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, asà como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura cientÃfica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas caracterÃsticas”.
Reto computacional
Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.
Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuÃr a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clÃnica.”
CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; asÃ, Salas indica que “o máis difÃcil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo poderÃa ser adaptado a outros patóxenos”.
Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realÃzase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.
Cerca do 90% das empresas galegas con máis de 10 persoas empregadas utiliza aplicacións de software libre e a porcentaxe é de máis do 67% no caso das microempresas. Os datos forman parte do estudo O Software Libre nas Empresas de Galicia elaborado polo Observatorio da Sociedade da Información en Galicia (Osimga), adscrito á Axencia para a Modernización Tecnolóxica de Galicia. Os datos proceden da Enquisa sobre o uso de TIC e comercio electrónico nas empresas, que realiza o INE anualmente, que cede os datos a OSIMGA en virtude do convenio de colaboración. Entre os programas máis utilizados destacan os navegadores de Internet (95,5%), as aplicacións ofimáticas (75,3%) e os sistemas operativos libres (51,5%).
A ConsellerÃa de Sanidade publica, na súa páxina web, o informe de actividade das infeccións respiratorias agudas correspondente á semana do 15 ao 21 de decembro, que sinala que a actividade gripal en Galicia continúa con intensidade media e con tendencia decrecente. Segundo os datos recollidos polo servizo de vixilancia epidemiolóxica da Dirección Xeral de Saúde Pública, xa se acadou o pico da onda epidémica da gripe. Respecto da semana anterior, rexÃstrase un descenso na taxa de consultas por gripe en atención primaria dun 5 %.
