Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (6coreografas-2026.jpg) A sexta edición de 6coreógrafas acollerá dúas estreas: Trés bien, de Marta Alonso Tejada, un dúo de danza contemporánea de rúa interpretado por María de Vicente e Inés Santos que explora o esforzo de sosterse e permanecer xuntas, e BenQuererme, un solo de de Fran Sieira, que combina danza tradicional e contemporánea para reflexionar sobre o autocoidado emocional e o amor propio. A programación completarase con Suit(e), de Furia Sotelo, un diálogo entre a danza de Nuria Sotelo e o violonchelo de Millán Abeledo, e Bipedestrucción, da compañía navarro-galega Disiden.cia, unha peza de rúa para todos os públicos que aborda desde o humor a identidade, a diversidade e a importancia da comunidade.
Foto de la tercera plana (litoral-pobo.jpg) O presidente da Xunta, Alfonso Rueda, informou de que o Goberno autonómico vén de autorizar na reunión desta mañá o envío ao Consello Consultivo de Galicia do decreto polo que se crea o Rexistro de autorizacións e concesións no dominio público marítimo-terrestre (DPMT). 'Isto vai situar Galicia á vangarda en transparencia e xestión do litoral', indicou. 'Imos habilitar un sistema para que a cidadanía poida coñecer en todo momento os usos e autorizacións vixentes na costa galega', salientou o presidente sobre un Rexistro, concibido para incorporar progresivamente as autorizacións e concesións no DPMT e que permitirá sistematizar e ampliar a información dispoñible sobre as actividades autorizadas, o que resulta fundamental para avanzar na planificación, protección e xestión integrada da costa galega así como reforzar a seguridade xurídica das actividades e proxectos.

Notas

Xerardo Quintiá gaña, co poemario Os cantos a Minha Senhor de Donsinda Christensen e baixo o lema «Cantos a Minha Senhor», a XXIV edición do Premio de Poesía Afundación, que a entidade convoca xunto ao Centro PEN de Galicia, á que se presentaron nesta edición un total de 46 obras inéditas. A resolución do xurado, presidido por Luís González Tosar, con Inés Mosquera Calvo como secretaria e vogal, e integrado por César Lorenzo Gil, Teresa Seara e Ismael Ramos Castelo, tivo lugar en Santiago.
As escavacións levadas a cabo este verán na Cova de Eirós, no lugar de Cancelo do concello lucense de Triacastela, e en Monte Penedo permitiron ampliar os períodos de ocupación humana das cavidades á vez que certificar que foron usadas como lugares de enterramento. Concretamente, a escavación do nivel 5 en Cova Eirós confirma a existencia na cova de ocupacións neandertais mais antigas e a realizada en Gruta dos Bloques descubriu a existencia dun enterramento infantil datado na Idade do Bronce.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES