viernes, 31 de julio de 2026
Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.
Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluÃda a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuÃr a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis especÃfica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.
CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, asà como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura cientÃfica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas caracterÃsticas”.
Reto computacional
Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.
Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuÃr a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clÃnica.”
CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; asÃ, Salas indica que “o máis difÃcil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo poderÃa ser adaptado a outros patóxenos”.
Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realÃzase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.
Ãfrica González, catedrática de InmunoloxÃa da Universidade de Vigo, é licenciada en Medicina e CirurxÃa pola Universidade de Alcalá coa especialidade en InmunoloxÃa. Posteriormente, realizou importantes investigacións no Laboratory of Molecular Biology de Cambridge onde participou na técnica de investigación da obtención de anticorpos monoclonais. Pola súa banda, Yolanda Prezado é licenciada en FÃsica pola Universidade de Santiago de Compostela e investigadora do Centro de Investigación en Medicina Molecular e Enfermidades Crónicas (Cimus). Previamente, formou parte do Institut Curie, en ParÃs, como lÃder do grupo de radiobioloxÃa traslacional.
O Centro Dramático Galego porá en escena do un ao catro de outubro, no Salón Teatro de Santiago de Compostela, a coprodución 'A gaivota, ensaio aberto', tras realizar estes dÃas na Cidade da Cultura unha estadÃa técnica e artÃstica no marco do programa DescArtes das Residencias artÃsticas do Gaiás. A gaivota, ensaio aberto é unha coprodución entre o Centro Dramático Galego, a compañÃa galega Crémilo, a portuguesa Colectivo 84, Teatro San MartÃn de Buenos Aires, Teatro del Galpón de Montevideo e outras entidades internacionais. O proxecto foi creado nas Residencias ArtisTEA do Concello de Ponteareas e conta coa colaboración do Padroado da Cultura de Narón e do Ministerio de Cultura de Cabo Verde.
