Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (veran-calor-ferrol.jpg) Galicia vén de pechar o mes de xullo máis cálido desde 1961, ano a partir do que se dispón na Comunidade de rexistros climatolóxicos. Esta é a principal conclusión do informe mensual elaborado por MeteoGalicia e que presentou esta mañá en Santiago a directora xeral de Enerxías Renovables e Cambio Climático, Paula Uría. Tal e como explicou, o valor medio da temperatura máxima se situou en 29 graos, cunha anomalía positiva de 3,5 graos en comparación cos rexistros das estacións meteorolóxicas máis representativas da Comunidade. Ademais, no caso da temperatura media o dato situouse en 22,5 graos, 2,8 graos por riba do valor normal climatolóxico para este mes.
Foto de la tercera plana (deporte-remo.jpg) O Diario Oficial de Galicia publicou a orde pola que se actualiza a relación de deportistas de alto nivel, alto rendemento, rendemento deportivo de base e vitalicias, así como persoas adestradoras ou técnicas, xuízas e árbitras recoñecidas de alto nivel. Esta actualización súmase ás realizadas en xuño e establece un novo récord de persoas recoñecidas, que ascenden a 1.941, das que 835 son mulleres (43%) e 1.106 homes (57%). Arredor do 76 % das persoas -1.466- son deportistas galegos de alto nivel (623 mulleres e 843 homes). Ademais, figuran 201 deportistas de alto rendemento (101 mulleres e 100 homes), 183 deportistas de rendemento deportivo de base (86 mulleres e 97 homes), 47 persoas técnicas de alto nivel (catro mulleres e 43 homes), 29 persoas árbitras e xuízas (16 mulleres e 13 homes) e 15 deportistas galegos de alto nivel vitalicios.

Notas

A Reitoría da UDC acolleu a inauguración do congreso internacional 'New Frontiers in Cosmology', que terá lugar do 10 ao 14 de agosto. Este encontro, organizado polo Centro de Física Cosmolóxica de Berkeley, a Fundación Simons e a UDC, coa colaboración do CITIC, reúne nestes días a máis de 250 persoas investigadoras de referencia internacional no ámbito da cosmoloxía para analizar os principais retos e avances desta disciplina.
As comunidades que habitaron Colombia hai miles de anos lograron realizar extraordinarias obras de enxeñaría baseadas na cooperación entre grupos familiares, sen necesidade dun goberno centralizado, segundo demostra un novo estudo que acaba de publicar a revista Communications Sustainability e cuxa autoría corre a cargo dun equipo integrado por persoal investigador da USC, da Universidade de Cambridge e do Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH).
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES