Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (festival-cans-2026.jpg) O Festival de Cans celebrará entre o 19 e o 23 de maio a súa 23ª edición tras recibir 235 obras inscritas, o segundo mellor rexistro da súa historia, e recuperar a súa condición de certame puntuable para os Premios Goya. A competición oficial reunirá 13 curtametraxes nas seccións de Ficción e Animación, con ata 10 estreas e sete cineastas debutantes, xunto a once propostas na categoría Furacáns, dedicada á non ficción. As obras seleccionadas abordan temáticas como o medio ambiente, a saúde mental, a violencia de xénero, a memoria, o despoboamento, a identidade ou o universo LGTBI+, con linguaxes que van do drama social á animación, o terror, a comedia negra ou as narrativas híbridas. As liñas descontinuas, de Anxos Fazáns, na inauguración, e 360 curvas, de Alejandro Gándara e Adriana Silva, na sección de documentais, son algunhas das proxeccións galegas máis sinaladas.
Foto de la tercera plana (praia-bandeira-azul.jpg) Galicia terá este ano un total de 118 praias en 38 municipios galardoadas coa bandeira azul, un distintivo de carácter internacional co que a Asociación de educación ambiental e do consumidor (Adeac) recoñece anualmente a areais de todo o mundo seleccionados en base a unha serie de rigorosos criterios de sustentabilidade, accesibilidade e servizos. Desde xeito e con 10 distintivos máis que o ano anterior, Galicia concentra case unha de cada sete bandeiras concedidas en España (794) e consolida a súa posición entre as tres comunidades que reciben un maior número de distintivos para as súas praias, xunto con Valencia (que suma 197) e Andalucía (184).

Notas

A Universidade Nacional Tsing Hua (NTHU) de Taiwán distingue ao profesor coruñés Ricardo García Mira coa cátedra honoraria 'Ching-Ching Hung-Dao'. Financiada pola Fundación que leva o mesmo nome, esta cátedra foi deseñada para recoñecer a excelencia en investigación, docencia e prestixio internacional, e ao mesmo tempo atraer ou reter talento académico. A cátedra está considerada un dos maiores recoñecementos académicos internos na Universidade Estatal Tsing Hua, con sede en Hsinchu, por riba dun posto ordinario de profesor.
A UDC vén de obter máis dun millón de euros para reforzar a investigación en computación e comunicacións cuánticas no Centro de Investigación en Tecnoloxías da Información e as Comunicacións. Este financiamento, concedido no marco dunha convocatoria impulsada polo Ministerio de Ciencia, Innovación e Universidades e a Axencia Estatal de Investigación, permitirá dotar ao centro de novas capacidades científicas nun ámbito clave.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES