Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (coralinda-elefante-elegante.jpg) Coralinda é unha comedia xestual dirixida a público familiar e infantil. A través dunha linguaxe xestual fundamentada na manipulación de obxectos e na interacción constante co dispositivo escénico, a obra constrúe un universo cómico e poético que transita do realismo á hipérbole da vida cotiá. Unha proposta escénica ao estilo dos debuxos animados que aborda a temática da inmigración e do medio ambiente desde o humor, a poesía visual e a emoción. A obra convida a reflexionar sobre as experiencias das persoas que viaxan lonxe da súa terra.
Foto de la tercera plana (festival.jpg) Foi presentadoo o novo festival Sons de Vigo que se celebrará do 27 de marzo ao 4 de abril no Ifevi. Este evento aposta tanto por grandes nomes do panorama nacional como por artistas locais da escena galega. A presentación, celebrada no Paseo das Avenidas, xunto ao monumento a Julio Verne como un dos símbolos de Vigo, contou coa actuación de Castle e Milutxo, músicos locais que ofreceron varios dos seus temas. Sons de Galicia forma parte da programación dos Concertos do Xacobeo organizados pola Xunta de Galicia, unha iniciativa que impulsa a celebración de grandes citas musicais en Galicia. O ciclo comezará o 27 de marzo con Lingua Urbana, un dos cinco eventos musicais que acollerá o Ifevi dentro desta programación.

Notas

Os 'Encontros de Lúa Chea', un programa de debate sobre cuestións de actualidade organizado polo colectivo universitario Proxéctate en Galego e incluído dentro da programación da Primavera Cultural, ofrece o xoves 26 de marzo, ás 19.00 horas, na cafetaría da Escola Politécnica Superior de Enxeñaría do Campus de Lugo, o faladoiro ‘Medios de comunicación: información ou desinformación na era das fake news'.
A Ãrea de Normalización Lingüística da UVigo, coa colaboración da Deputación de Pontevedra, organiza entre os meses de marzo de abril a 3ª edición do ciclo A lingua galega no cinema, que inclúe a proxección dunha decena de pezas audiovisuais entre documentais, curtas, animación e longametraxes. O ciclo arrancará o luns 23 coa proxección, do documental 'Ramón Otero Pedrayo, dereito á paisaxe', dirixido pola catedrática da UVigo María José Bravo Bosch.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES