Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (mit-ribadavia-2025.jpg) A Mostra Internacional de Teatro de Ribadavia reunirá do 17 ao 25 de xullo 25 espectáculos procedentes de Galicia, Portugal, Francia, México e diferentes comunidades autónomas, nunha 42ª edición atravesada pola creación contemporánea, a diversidade de linguaxes e formatos, a memoria histórica, a música en directo e a capacidade da escena para activar pensamento crítico e experiencia colectiva. Entre estas propostas figura A Fortaleza, da compañía A Feroz, coproducida polo Centro Dramático Galego e o festival FITEI do Porto. A obra, dirixida pola portuguesa Raquel Sousa e con dramaturxia de Lorena Conde e da propia Sousa, recupera a memoria das guerrilleiras antifranquistas galegas a través da figura de Consuelo Rodríguez López, Chelo.
Foto de la tercera plana (ateneo-barroco-2026.jpg) O Festival de Música Antiga e Barroca Ateneo Barroco celebrará do 6 ao 20 de outubro a súa oitava edición cun programa articulado arredor da música antiga, os instrumentos históricos, a divulgación e o encontro co público. O certame compostelá ofrecerá seis concertos en diferentes espazos da capital de Galicia, ademais de cinema documental, unha conferencia, unha acción de improvisación, un club de lectura e varios encontros cos artistas. A programación principal de Ateneo Barroco desenvolverase en espazos como a Igrexa da Universidade, o Teatro Principal, o Salón Teatro e o Paraninfo da Universidade. O calendario de recitais abrirase con Lina Tur Bonet e Bach, partita, sonata, e continuará con Ars Atlántica, Resonet, Arc & Volta e Bertrand Cuiller, antes do peche con Accademia del Piacere e Fahmi Alqhai en In dulci jubilo.

Notas

'A idea tomou corpo nun rato de charla espontánea, pero porque xa nos roldaba', recoñece Fernando Romo Feito, editor e tradutor da Eneida en verso ao castelán, publicada por La Oficina de Arte y Ediciones. Precisamente foi cos editores da obra cos que o docente e investigador xubilado da UVigo Fernando Romo mantivo hai tres anos esa conversa e da que xurdiu unha obra sobre a que asegura 'de non gustarlles o resultado, sei que non a sacarían'.
Un equipo do Instituto Universitario de Estudos e Desenvolvemento de Galicia rexistrou unha nova metodoloxía que permite elaborar análises económicas e ambientais cun nivel de detalle territorial moi superior ao que ofrecen as ferramentas convencionais. Denomínase Path-Q-Plus para a interrexionalización de marcos contables input-output, investigación da tese de doutoramento de Uvenny Quirama Estrada, dirixida por Xesús Pereira López e Melchor Fernández Fernández.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES