Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (carlos-nunez-2025.jpg) Os Concertos do Xacobeo achegan a arte de Carlos Núñez, considerado como un dos mellores gaiteiros do mundo, ás Ermidas coa súa nova e singular xira 'Lugares Máxicos 2025'. O artista actuará no marco incomparable do Adro do Santuario da localidade ourensá o xoves, 17 de xullo, contra ás 20,00 horas. Os Concertos do Xacobeo danlle tamén cobertura a outras oito citas do músico este verán noutros escenarios únicos como Baiona, Ribadeo, Vilanova de Arousa, Salvaterra de Miño, Boqueixón, Marín, Sober e Sobrado.
Foto de la tercera plana (enfermidades-raras.jpg) O Consello aprobou hoxe a Estratexia Galega de Enfermidades Raras 2025-2030 na que se van investir 400 millóns de euros e que vai reforzar os servizos de rehabilitación e ampliar o cribado neonatal. O obxectivo é desenvolver un conxunto de actuacións que teñen por obxectivo mellorar a calidade de vida destes pacientes que sofren este tipo de doenzas durante os próximos cinco anos. Unha das principais novidades será a avaliación de resultados en saúde para medir a calidade de vida, as funcionalidades recuperadas, a autonomía ou a redución da dor e dos síntomas, con cada un dos tratamentos.

Notas

No contexto do Ano Castelao 2025, o proxecto expositivo 'Traxes e cores de Galiza. A identidade nacional na plástica de Castelao' que dende este luns e ata o 30 de agosto se pode visitar no Colexio de Fonseca propón amosar a rica e importante presenza da indumentaria tradicional na obra pictórica e gráfica de Alfonso Daniel Rodríguez Castelao.
Conectar os sectores agrícola e espacial, promovendo o uso de tecnoloxías do ámbito espacial en zonas rurais como ferramentas para a innovación e a resiliencia fronte ao cambio climático é o obxectivo do proxecto europeo AgroSpace, no que participan 12 entidades, entre elas a UVigo, coordinadas polo catedrático Jesús Simal Gándara.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES