Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (tecnoloxia-maiores.jpg) O 68,7 % da poboación galega de 16 a 74 anos dispón de competencias dixitais básicas ou avanzadas, fronte ao 61,4 % de 2025, o que supón un incremento relativo do 11,9 %. O 42,6 % da poboación galega de 16 a 74 anos ten competencias dixitais avanzadas, cinco puntos porcentuais máis ca en 2025, e o 26,1 % ten competencias básicas. Son datos publicados hoxe polo INE no informe sobre equipamento e uso das TIC nos fogares, analizados polo Observatorio da Sociedade da Información da Axencia para a Modernización Tecnolóxica de Galicia (Amtega).
Foto de la tercera plana (circo-camino-2026.jpg) Foi presentada na Cidade da Cultura a iniciativa 'Circo no Camiño', que celebrará entre o 12 de novembro e o 6 de decembro a súa primeira edición, na que contará con artistas nacionais e internacionais. A proposta Circo no Camiño quere achegar as artes escénicas a diferentes localidades galegas relacionadas co Camiño de Santiago. Para isto avanza unha programación variada de espectáculos de circo, maxia, música, acrobacias, humor e animación de rúa dirixidos a todos os públicos, que se desenvolverán tanto nunha gran carpa como nas rúas.En concreto, a programación desenvolverase en catro localidades galegas: Verín, Lalín, A Estrada e Santiago de Compostela, onde se pechará a programación, entre os días 3 e o 6 de decembro.

Notas

O profesor da Facultade de Fisioterapia e investigador do grupo HealthyFit Pablo Campo é o coordinador dun proxecto que emprega a realidade virtual inmersiva e o exercicio terapéutico para promover a recuperación física e psicolóxica das e dos pacientes que se atopan ingresados tras someterse a tratamentos de terapia celular, como un transplante de medula ósea.
A raza Can de Palleiro demostrou unha constitución xenética singular e diferenciada con respecto doutras razas. Esta é unha das principais conclusións do estudo liderado polo catedrático da USC Paulino Martínez e cuxas conclusións se deron a coñecer nun acto que se desenvolveu na Facultade de Veterinaria de Lugo. Esta investigación xenómica para a caracterización e recuperación desta raza evidenciou que a diversidade xenética do Can de Palleiro sitúase no rango superior entre as razas estudadas.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES