Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (economia-porcentaxe.jpg) O Banco de España acaba de publicar os datos oficiais de débeda pública correspondentes ao peche do exercicio 2025. Nese período, Galicia reduciu a súa ratio de débeda ata o 13,9 % do seu PIB, o que representa a ratio máis baixa dende 2012. Deste xeito, Galicia situase como a cuarta comunidade autónoma de réxime común con nivel de débeda máis baixa e cun diferencial con respecto á media das CCAA de 6,3 puntos porcentuais. A ratio de débeda das CC.AA. situouse no 20,2 %. Logo do esforzo extraordinario por mor da pandemia, Galicia leva unha senda descendente dos seus ratios de endebedamento. Así, desde a pandemia, ano 2020, reduciu a ratio case seis puntos, pasando de 19,6 % ata o 13,9 %.
Foto de la tercera plana (20260331-01.jpg) A implantación da recollida separada de materia orgánica consolídase como o piar fundamental para que Galicia cumpra cos obxectivos ambientais europeos. Dado que os restos orgánicos representan case o 40 % do lixo doméstico, a súa correcta xestión é a chave para baleirar os vertedoiros e xerar compost de alta calidade que retorne á terra como fertilizante. A día de hoxe, o compromiso galego con este sistema é evidente: 295 concellos xa contan con métodos específicos para os biorresiduos.

Notas

A Primavera Cultural da USC regresará á volta de Semana Santa con diversas citas nas que a tradición e a vangarda camiñan collidas da man. Así, o talento musical emerxente darase cita o 8 de abril na final da terceira edición do Certame de grupos musicais da USC. O 9 de abril será a quenda do Curso de Primavera, na Facultade de Humanidades de Lugo; do concerto de Kid Mount + ünder & Diego Flâneur na lucense Praza de Santa María; e do V Tradi-Fest, no Xardín das pedras que falan en Compostela.
Lori Meyers é unha das bandas máis recoñecidas do indie pop estatal, que regresa a Vigo tras oito anos sen actuar en grandes formatos na cidade. Coti achegará ao Galicia Fest algúns dos seus temas máis coñecidos, convertidos xa en auténticos himnos xeracionais. O artista suramericano chegará a Vigo tras completar unha xira por arxentina
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES