Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (castelao-mirarporgalicia.jpg) O Centro Galego de Arte Contemporánea foi elixido como insignia da cultura galega en 2025 polo Observatorio da Cultura da Fundación Contemporánea, o prestixioso informe elaborado coas valoracións de máis de 400 expertos e profesionais de toda España que mantén a Galicia como a sexta comunidade pola calidade e innovación da súa oferta, e superando por primeira vez o 20% dos votos. A Cidade da Cultura ocupa o segundo posto, mentres que Centro Dramático Galego comparte a terceira posición da clasificación co Festival Internacional Outono de Teatro, o Festival Sinsal e a Bienal de Pontevedra.
Foto de la tercera plana (nenos-clase.jpg) Galicia vén de pechar o ano 2025 cunha taxa abandono escolar do 10,4%, o que supón 0,4 puntos menos que o ano anterior e coloca á nosa Comunidade 2,4 puntos por debaixo da media estatal (que é do 12,8%), polo que se sitúa entre as autonomías cun mellor resultado neste eido. Así pois, no último ano Galicia reduciu o dobre que o Estado esta variable que mide a porcentaxe de persoas entre 18 e 24 anos sen titulación superior á ESO. No que atinxe aos datos por sexos, a taxa é case o dobre no caso dos homes que das mulleres (13,5% fronte a 7,2%), polo que a Consellería de Educación, Ciencia, Universidades e FP establece medidas especiais no Plan FPGal360 para actuar neste colectivo.

Notas

A trixésima edición do Festival Internacional de Teatro Universitario da USC, unha actividade incluída dentro da programación da Primavera Cultural, desenvolverase en Santiago de Compostela do 2 ao 7 de febreiro. Ademais da Aula de Teatro da Universidade, nesta edición participan as escolas de teatro das Universidades de Beira Interior de Portugal, de Granada e de Mozambique.
Case cinco anos despois que a Universidade de Vigo e Zona Franca presentasen a fondos europeos de recuperación Next Generation un proxecto para instalar en Vigo unha fábrica de circuítos fotónicos e un laboratorio de I+D , este venres materializouse no Parque Tecnolóxico e Loxístico de Valladares a colocación da primeira pedra da planta de semiconductores fotónicos, que ocupará unha superficie de 4000 metros cadrados e se prevé entre en servizo en 2027.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES