Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (playdoc-tui-2025.jpg) O festival Play-Doc desenvolverá do 29 de abril ao 3 de maio en Tui a súa 22ª edición para conectar memoria, creación actual e futuro do cinema galego e internacional. No ámbito galego, a programación desta edición volve ocupar un lugar central cunha Competición Galicia que reúne títulos de Xiana do Teixeiro, Roi Fernández, Xacio Baño, Adrián Canoura, Cristina Souto, Hugo Amoedo, Bea Lema, Berio Molina e Chloé Lecci López, entre outras voces. O festival mantén, ademais, a sección Sombras, dedicada nesta ocasión á recuperación da figura de Rafael Luca de Tena, e unha nova edición de Coming Soon, espazo no que se presentarán proxectos galegos en desenvolvemento. O Play-Doc continúa a reforzar a súa función de escaparate e plataforma de difusión para a produción audiovisual do país e como punto de encontro para novas obras e profesionais.
Foto de la tercera plana (libros.jpg) O número de persoas en Galicia que le ocasional ou habitualmente na nosa lingua medra en case nove puntos ata acadar o 72 %, isto é, sete de cada dez galegos. Ademais deste incremento do 13 por cento na lectura ocasional ou habitualmente en galego con respecto ao ano anterior, o estudo de 2025 tamén revela a consolidación dunha Galicia lectora, reflectida no sindicadores que sinalan que o 96,5 % da poboación maior de 14 anos le en calquera medio e soporte, o que sitúa a nosa Comunidade nun 1,4% por enriba da media de España. Ademais, o 70 % destas lecturas son de libros.

Notas

A campaña de escavación arqueolóxica realizada o pasado verán na Cova do Santo, no Parque Natural da Serra da Enciña da Lastra (Rubiá, Ourense), permitiu avanzar no coñecemento deste xacemento, considerado un dos contextos funerarios máis relevantes da Prehistoria recente en Galicia. Os traballos, dirixidos polos investigadores José Ramón Rabuñal e Diego Lombao, da USC, e do Centro de Investigación Interuniversitario das Paisaxes Atlánticas Culturais, enmárcanse nun proxecto centrado no estudo do poboamento prehistórico do parque.
O campus de Ourense acolle a celebración do seminario internacional Emprego sostible desde a perspectiva do piar europeo de dereitos sociais. Con el dáse continuidade ao proxecto Jean Monnet titulado 'The central role of the European UnionÂ’s social rights in employment in the twenty-first century (RightsEU)', coordinado desde a Ãrea de Dereito do Traballo e da Seguridade Social da UVigo.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES