Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (a-gaivota-cdg.JPG) A primeira etapa da xira de A Gaivota, ensaio aberto desenvolveuse do 12 ao 15 de outubro na sala Atahualpa do Teatro El Galpón de Montevideo, en coprodución con esta institución e no marco do Festival Internacional de Artes Escénicas de Uruguai, FIDAE. O programa comprendeu sete representacións nas que Déborah Vukušić compartiu escenario con Camila Durán e Claudia Trecu, que entraron no lugar das actrices galegas Uxía Suevos e Mercedes Castro. A magnífica resposta do público uruguaio contou cunha destacada presenza da comunidade galega, que converteu as funcións nun espazo de encontro arredor da lingua e da creación escénica de Galicia. Esta acollida precede a chegada á Arxentina, onde Déborah Vukušić compartirá escenario coas actrices locais Eugenia Alonso e Carmela Rivero.
Foto de la tercera plana (cdc-00.jpg) Trátase dunha iniciativa que nace como evolución de Circo Presente Continuo e que se vai desenvolver por primeira vez fóra de Madrid. A Cidade da Cultura, o Teatro Principal e o Salón Teatro serán as súas sedes na capital galega, reunindo artistas, compañías, profesionais da programación, distribuidoras e institucións para compartir proxectos e favorecer novas oportunidades de colaboración e contratación. O programa inclúe oito espectáculos, seis mostras breves e catro traballos en proceso. Entre as propostas figuran Naufragio, de Labsurda; Serena, de Circ Bover; Matrimonio, de Kolektivo Konika; Siku, de Jessica Arpin; e Sen patrón, de Pistacatro, que ofreceu un adianto artístico durante a presentación.

Notas

A Igrexa da Universidade acolle ata o 20 de novembro a mostra 'Agora hai terras de millo onde antes estaba Troia', obra de Los Bravú, un dúo artístico integrado por Dea Gómez e Diego Omil. A exposición abriu oficialmente este xoves nun acto no que xunto cos autores interveu a vicerreitora de Cultura, Lingua e Patrimonio, Ana Cabana, que reivindicou a USC como 'espazo de produción e de transmisión de coñecemento onde debe integrarse a cultura, que ten que ser unha experiencia universitaria, unha experiencia de formación'.
A preparación para a liberdade e a reinserción social foi a temática escollida para as III Xornadas da Rede Galega de Educacións en Prisión que se celebraron en Ourense. A cita, co-organizada pola Facultade de Educación e Traballo Social da UVigo, contou coa asistencia profesionais e alumnado das tres universidades galegas. Nelas houbo conferencias, obradoiros e mesas de experiencias.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES