Notas de prensa

Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-CoV-2 e a súa distribución xeoespacial

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación.

Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental Research.

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Reto computacional

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

Universidade de Santiago de Compostela, 2021-09-09

Actualidad

Foto del resto de noticias (emprego-carretilla.jpg) Galicia pechou abril con 1.103.820 afiliacións á Seguridade Social, 16.386 cotizantes máis ca en abril do ano pasado, e con 112.293 persoas no paro, 3.252 menos que no mesmo mes de 2025. No caso das afiliacións, na comparativa anual aumentan nun +1,51 % e tamén medran na comparativa mensual (+7.944 afiliacións máis, +0,72 %). De feito, en termos intermensuais, trátase do segundo maior aumento, tanto en termos absolutos como relativos, dun mes de abril desde que hai rexistros, despois do acadado o ano pasado. En relación co desemprego, este cae tanto na comparativa anual, cun descenso do -2,81 % como na mensual, neste caso cun recorte do -2,07 %, o que implica 2.377 persoas desempregadas menos con respecto a marzo.
Foto de la tercera plana (20260505-xunta.JPG) O evento celebrarase o 8 de xuño e concentrará a máis de 30 chefs con Estrella Michelin, nunha cita que, como definiu o organizador, Rogelio Rial, 'non só pon en valor o talento culinario, senón tamén o noso territorio, o Camiño de Santiago e a capacidade dun lugar como Negreira para acoller un evento deste nivel'. Esta edición homenaxearase ao célebre cociñeiro Juan Mari Arzak e colaborarase coa asociación Art for Dent, reforzando o compromiso social da iniciativa.O director de Turismo de Galicia puxo en valor a conexión entre gastronomía e Camiño de Santiago que impulsa a iniciativa.

Notas

A UDC vén de obter máis dun millón de euros para reforzar a investigación en computación e comunicacións cuánticas no Centro de Investigación en Tecnoloxías da Información e as Comunicacións. Este financiamento, concedido no marco dunha convocatoria impulsada polo Ministerio de Ciencia, Innovación e Universidades e a Axencia Estatal de Investigación, permitirá dotar ao centro de novas capacidades científicas nun ámbito clave para o desenvolvemento tecnolóxico das próximas décadas.
A Sala Alterarte, o espazo expositivo do campus de Ourense, conta desde agora cun novo catálogo. Nel recóllense en imaxes e texto dez mostras, de arredor dunha vintena de artistas moi diversos, que foron expostas nos seus muros entre setembro de 2023 e xullo de 2025 no marco do ciclo expositivo Recipro-edadiC, dirixido polo artista en profesor xa xubilado da Universidade de Vigo Javier Blanco Sierra.
PUBLICIDAD
ACTUALIDAD GALICIADIGITAL
Blog de GaliciaDigital
HOMENAXES EGERIA
PUBLICACIONES