El 26 de junio de 1918, conforme al decreto del Consejo de Ministros de la República Democrática de Azerbaiyán (RDA) fue establecida la primera unidad militar regular, un cuerpo militar de Azerbaiyán. En la Declaración de Independencia de Azerbaiyán de 28 de mayo de 1918, se sostenía la necesidad de establecer su Ejército regular y las Fuerzas Armadas para defender la joven república de la invasión extranjera y neutralizar las fuerzas enemigas internas. El Gobierno puso el objetivo de formar un Ejército de 25 mil militares. El 1 de agosto, fue establecido el Ministerio de Defensa de Azerbaiyán; su primer ministro fue Khosrov bey Sultanov.
El primer desfile militar fue celebrado en 1919, en la ciudad de Bakú. En un corto periodo de tiempo, el Ejército de Azerbaiyán, junto con el Ejército Islámico del Cáucaso del Imperio Otomano, liberó a Bakú y sus alrededores de la ocupación armenio-bolchevique. Tras la ocupación soviética de Azerbaiyán, en 1920, el Ministerio de Defensa fue disuelto; los bolcheviques ejecutaron a 15 generales del Ejercito de Azerbaiyán.
Tras el establecimiento de la independencia de la República de Azerbaiyán, en 1991, fue decretada la formación del Ejército nacional. Conforme al Decreto del Líder Nacional, Heydar Aliyev, de 22 de mayo de 1998, el 26 de junio fue declarado el Día de las Fuerzas Armadas. Con motivo del vigésimo aniversario del restablecimiento de la independencia del país y el Día de las Fuerzas Armadas, el 26 de junio de 2011, en Bakú,fue celebrado el desfile militar del moderno Ejército de Azerbaiyán bajo el comando del Comandante Supremo de las Fuerzas Armadas, el Presidente Ilham Aliyev. En 2013, el desfile militar fue dedicado al 95 aniversario del Día de las Fuerzas Armadas. El siguiente desfile, en 2018,fue celebrado con motivo del centenario del Ejército de Azerbaiyán.
Los últimos años fueron marcados por un rápido crecimiento del potencial militar de Azerbaiyán que,en el ranking Global FirePower 2020,ocupa el puesto 64 de los 138. Cabe destacar que el Ejército de la vecina Georgia ocupa el puesto 89 y el Ejército de Armenia - el 111. Este hecho es clara manifestación de que las Fuerzas Armadas de Azerbaiyán están formados del Ejército más fuerte en el Cáucaso del Sur en términos de logística y capacidad de combate.
El país produce más de mil productos militares que se exponen en las Ferias de renombre internacional. El Ejército de Azerbaiyán hace su activa contribución a la lucha contra el terrorismo internacional. Desde 1999, más de 3.000 militares del Ejército de Azerbaiyán participaron en operaciones de mantenimiento de la paz en varias regiones.
